Acto de conmemoración del I Aniversario de la Segunda Intifada en el Ateneo de Madrid
El entonces líder de la oposición israelí, Ariel Sharon , visitó la zona exterior del recinto de la Cúpula de la Roca y la mezquita de Al-Aqsa , en septiembre de 2000 , en pleno debate sobre el futuro de Jerusalén pero con el permiso del jefe de la seguridad palestina en Cisjordania, lo que provocó algunos incidentes y choques con palestinos, ninguno de ellos de gravedad. Al día siguiente, en la plegaria del viernes, cientos de jóvenes musulmanes desde la Explanada de la Mezquita apedrearon a los fieles judíos congregados ante el Muro. La policía israelí intervino usando fuego real y se produjeron siete muertos, extendiéndose los incidentes en todo el Jerusalén árabe. Del lado palestino se ha venido sosteniendo que la Segunda Intifada se inició a raíz de estos hechos, aunque la Comisión Mitchell descartó esta posibilidad, asegurando que la violencia palestina hubiese estallado de cualquier forma como producto de la negativa de Arafat de aceptar las propuestas israelíes de Camp David en las que Ehud Barak , entonces primer ministro de Israel, hizo concesiones sin precedentes.
Como respuesta a este ataque, Israel ocupa de nuevo algunos de los territorios autónomos durante horas o semanas. En esta intifada, se comienza a generalizar el uso de las bombas suicidas y otras formas de masacre terrorista. Los blancos de estos ataques suicidas fueron lugares frecuentados por los civiles israelíes como centros comerciales, restaurantes y las redes de transporte publico.
En respuesta al terrorismo indiscriminado amparado o alentado por las organizaciones palestinas, las autoridades israelíes pusieron en práctica los asesinatos extrajudiciales contra dirigentes palestinos vinculados a actividades terroristas. Estas muertes son conocidas por los israelíes como asesinatos selectivos , un término popularizado por algunos medios de comunicación, y que, en opinión de sus críticos, constituyen una violación de la Convención de Ginebra , que señala en su punto 1d que este tipo de crímenes «están y se mantendrán prohibidos en cualquier tiempo y lugar las ejecuciones, sin previo juicio de una corte oficialmente constituida y asumiendo todas las garantías judiciales reconocidas como indispensables en los países civilizados». Este artículo se aplica a toda persona que «no tome parte activa en las hostilidades, incluyendo miembros de fuerzas armadas que hayan abandonado sus armas» y aquellas personas «fuera de combate por enfermedad, heridas, detención o cualquier otra causa». Sin embargo, Israel arguye que los objetivos seleccionados y abatidos son parte activa en las hostilidades , ya que son los planificadores o instigadores de actividades terroristas dentro del territorio israelí.
En 2006, la situación es ambivalente: por un lado se ha completado el Plan de retirada unilateral israelí de la Franja de Gaza , lo cual, lejos de calmar la situación, ha agravado los ataques terroristas desde Gaza con cohetes qassam contra las poblaciones fronterizas israelíes. Por otro lado, Israel mantiene el control fronterizo, lo que dificulta los viajes al exterior de los palestinos, y vigila de forma estricta el movimiento entre las ciudades palestinas (hay desplegados más de 90 puntos de control en las carreteras). Los palestinos no residentes en Jerusalén tampoco pueden ingresar en la ciudad. Por su parte, Israel mantiene los asentamientos de colonos israelíes en Cisjordania , lo cual sigue siendo fuente de conflictos.
